日本是物流業發展發達的國家之一，社會物流成本核算主要借鑒赫斯凱特最早提出的方法，即由每年公布的就業統計和庫存統計等各種數據來推算總體物流費用。同時，參考德蘭尼的推估法，站在貨主的立場來推算部分國內物流成本。日本的社會物流成本計算方法與美國略有不同，但從整體上看，也包括運輸費、保管費和管理費三個部分內容。

1.運輸費

運輸費分為營業運輸費和企業內部運輸費。營業運輸費又包括卡車運輸費、鐵路貨運費、內海航運貨運費、國內航空貨運費以及貨運站收入等內容。企業內部運輸費是以營業車平均行走一里的原價為基礎，將自家卡車的行走里數、實際平均一日一車行走里數比、自家用卡車裝載比率相乘得到。

2.保管費

保管費是將日本經濟企劃廳編制的《國民經濟計算年報》中的國民資產、負債余額中原材料庫存余額、產品庫存余額及流通庫存余額的合計數乘以日本資產管理協會（JapanMaterialsManagementAssociation,JMMA）調查所得的庫存費用比例和原價率得到。這項保管費不是狹義的保管費，不僅包括倉儲業者的保管費或企業自有倉庫的保管費，還包括倉庫、物流中心的庫內作業費用和庫存所發生的利息、損耗費用等。保管費用計算公式是；

保管費=（原材料庫存余額+產品庫存余額+流通庫存余額）X原價率X庫存費用比例

式中：庫存費用比例=利率除外的庫存費用比例+利率。

3.管理費

物流管理費用無法用總體估計的方法求得，根據日本《國民經濟計劃年報》中的《國內各項經濟活動生產要素所得分類統計》，將制造業、批發和零售業的產出總額乘以日本物流系統協會（JapanInstituteofLogisticsSystems,JILS）根據行業分類調査出來的各行業物流管理費用比例（0.5%）,管理費計算公式是：

管理費=（制造業產出額+批發零售業產出額）X物流管理費用比例

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