保稅貨物的通關程序是：備案申請保稅一進出境報關一報核申請結案。

(一） 備案申請保稅（前期階段）

保稅貨物進口前，貨物的收發貨代理人等向海關提出將要進口貨物的保稅申請，當海關給予批準后，所進口貨物才能保稅。

目前，海關對企業申請進口的保稅貨物進行審核、備案，便于海關今后的監管和統計。

(二） 進出境報關（中期階段）

同一般進出口貨物一樣，在進出境時，都必須和其他貨物一樣進人進出境報關階段，一般進出口貨物的進出境報關階段包括4個環節：申報一查驗一繳納關稅一海關放行。而保稅貨物是要經過進入進出境報關階段，但所不同的是，不進入第3個環節，也就是不進入納稅環節。保稅貨物海關放行并沒有結關，保稅貨物要進人到海關監管階段。

(三） 報核申請結案（后期階段）

報核申請結案：根據企業在海關的備案，當加工合同完成后或儲存貨物復運出境后，企業向海關申請對進口的保稅貨物進行核銷結關。

在這個階段，具體的環節就是：企業報核一海關受理一實施核銷一結關銷案。

海關監管：保稅貨物自完成通關之日起，一直到核銷之日截止，始終處于海關的監管之下，所以說，保稅貨物要經過海關報核申請結案。