保稅進出口貨物通關程序的主要目標是確保保稅貨物在加工、儲存后復出口。對不再能復出口的，則要求按照相應的通關制度重新辦理進出口手續。具體程序如下：

1.前期報關——合同登記備案

此階段僅適用于保稅加工貨物，保稅儲存貨物免辦此環節。對于保稅加工貨物，在貨物進境前，憑合同和商務部批件等向所在地海關辦理加工貿易合同登記備案(包括臺賬開設)手續，取得《登記手冊》。

根據國家制定的《加工貿易分類管理商品目錄》和《中華人民共和國海關對企業實施分類管理辦法》的規定，將加工貿易分為禁止類、限制類(包括限制甲類和限制乙類)和允許類，將加工貿易企業分成A、B、C、D四個管理類別，并分類實施保證金臺賬制度，即“不納入臺賬制度”或采用保證金臺賬的“實轉”、“空轉”等三種不同的運作方式。

(1)不納入保證金臺賬制度管理

鑒于開展加工貿易的一部分企業資信狀況良好，且有更為嚴密的海關管理措施，以及合同數額較小，適宜簡化手續等方面的原因，下列幾種情況不納入保證金臺賬制度管理：

①海關駐廠監管或主管海關實行計算機聯網管理的保稅工廠，或從事飛機、船舶等特殊行業加工貿易的企業，或年進出口額在3000萬美元(自營生產型企業出口額1000萬美元)及以上，或年加工出口額1000萬美元以上的企業開展的加工貿易，以及保稅區內企業開展加工貿易不納入保證金臺賬制度管理，按《企業分類計算機管理程序》,對上述不實行保證金臺賬制度的企業，該系統設定的系統代碼為AA(故對上述企業亦稱作為AA類企業)。

②對金額在10000美元及以下的加工貿易合同，如由A類或B類企業經營，不納入保證金臺賬制度管理。

③對出口企業為履行出口產品合同，由外商免費或有價提供用于出口產品的輔助材料，在規定的輔料品種范圍內，且每批合同進口輔料金額在10000美元以下(含10000美元),不納入保證金臺賬制度管理。

(2)保證金臺賬的空轉

所謂保證金臺賬的“空轉”,是指加工企業為開展加工貿易在指定的中國銀行開設保證金臺賬，但并不向銀行交付保證金的臺賬運作方式?？蛇m用“空轉”方式的有下列兩種情況：

①按加工貿易企業分類標準已評定為A類的企業，除前述不納入保證全臺賬制度管理的幾種情況外，加工限制類或允許類商品均適用保證金臺賬“空轉”的運作方式。

②按加工貿易企業分類標準已評定為B類的企業，加工非限制類商品的，可適用保證金臺賬的“空轉”運作方式。

(3)保證金臺賬的實轉

所謂保證金臺賬的“實轉”,是指企業在中國銀行開設保證金臺賬后，將保證金存于海關在中國銀行設立的指定賬戶，企業在加工產品出口并辦理核銷手續后，銀行退還保證金及其相當活期存款的利息的臺賬運作方式。應以“實轉”方式運作的主要是：

①按加工貿易企業分類標準已評為B類的企業，加工限制類的商品，應以“實轉”方式運作。

②按加工貿易企業分類標準已評為C類的企業，無論加工限制類還是允許類的商品，無論合同金額大小，均應以“實轉”方式運作。

適用D類管理的加工貿易企業，海關不予辦理新的加工貿易合同備案。

2.申報進口

在保稅加工或實際儲存的貨物實際進境時，報關單位持海關核發的保稅經營憑證，即保稅加工的《登記手冊》或保稅倉庫的《登記證書》及其它報關單證向海關辦理進口申報、陪同查驗、提取貨物等貨物進境手續。

3.按最終去向申報出口或辦理其它海關手續

根據保稅加工成品、保稅儲存貨物的復出口或轉為內銷、結轉二次保稅等最終去向，分別按相應的通關制度的規定向海關辦理出口或其它相應的海關手續。比如，貨物出口需要辦理出口申報、陪同查驗、裝運貨物等貨物出境手續。

4.后期報關——核銷結案

報關單位應在海關規定的期限內，向所在地海關報核，經海關審核確認，注銷保稅管理。

由此可見，保稅加工貨物的通關需要經過以下環節：商務部主管部門審批合同、主管海關辦理合同備案、中國銀行開設保證金臺賬、主管海關核發手冊、主管海關核銷合同及中國銀行注銷臺賬