集裝箱港口環境子系統主要由港口自然地理因素決定的港口區位條件和自然地理條件組成。它是港口物流運作的前提和基礎，不僅為港口運作提供了基本的作業環境，而且在增強港口物流體系輻射能力、保證船舶順利進出港等方面有顯著作用。它主要包括了港口的區位條件、岸線長度和條件、錨地條件、水文氣象地質條件、泥沙潮汐條件、經濟條件等。港口區位不僅要受到航行條件、停泊條件等水運條件的影響，還要受到筑港條件、腹地條件、城市條件等陸域條件的影響，若把這些條件進行歸類，則航行、停泊、筑港條件屬自然條件，腹地、城市屬社會經濟條件，任何港口的區位都可從這幾個方面分析。一般而言，港口要擁有便利的交通條件，封閉性要比較強，但卻擁有足夠水域面積，利于船只躲避風浪，水越深越利于船只的航行與停泊陸域，同時要擁有足夠的陸域面積，且地勢較平坦開闊，利于分散貨物和客流。以上海為例，上海港的主要區位因素有：一是上海港是長江三角洲的一個河口港，兼作海港，主要港區沿黃浦江分布。二是長江三角洲地勢平坦開闊，為港口建設提供了條件，長江一方面為港口提供了淡水，另一方面保證了船舶航行的空間，但是三角洲坡度小，泥沙容易沉積淤塞河道。三是上海港的經濟腹地是中國經濟最發達的地區。四是上海港以上海市為依托。五是上海港還通過長江干支流與鐵路、公路與全國各地相連接，集散客貨流。