保稅物流中心主要以整合“兩倉”功能為基礎，打破保稅倉庫和出口監管倉庫分別專門存放進境、出口貨物且相互隔離的狀態，揉合、集成、拓展“兩倉”功能，并根據現代物流的發展需要賦予若干新功能。其主要功能和優惠政策是：

1.保稅物流中心的功能主要包括保稅倉儲、簡單加工和增值服務、國際物流配送、進出口貿易、國際中轉和轉口貿易、物流信息處理等。

2.海關賦予保稅物流中心口岸功能，企業可直接在保稅物流中心所在地主管海關報關，保稅物流中心貨物能直接輻射國內、國際兩個市場。

3.境內貨物進人保稅物流中心視同出口，享受出口退稅政策，并在進人中心環節退稅。

4.境外貨物進入保稅物流中心，海關給予保稅。

5.保稅物流中心貨物銷售境內時，企業可以按保稅物流中心的實際貿易方式向海關辦理進口報關手續。

6.保稅物流中心內的貨物可在保稅物流中心企業之間，保稅物流中心與保稅區、出口加工區、保稅倉庫、出口監管倉庫和其他保稅物流中心等海關監管區域、場所之間進行自由轉移和跨關區報關提取等。