通關模式屬于海關特殊監管區域，由海關實行封閉管理。監管手段包括物流圍網和信息圍網。2007年9月3日，海關部署以第164號部署令對外公布了《中華人民共和國保稅港區管理的暫行辦法》（以下簡稱《辦法》），并于2007年10月3日起正式實施?！掇k法》的實施標志著保稅港區的開發運營和管理進入法制化階段。

保稅港區通關模式具有以下特點：

1.分類申報，突出重點

《辦法》第十六條規定：“海關對保稅港區與境外之間進出的貨物實行備案制管理，對從境外進入保稅港區的貨物予以保稅，但本辦法第十七條、第十八條、第三十九條規定的情況除外，也就是說，進口的一般貨物采用備案清單申報，減免稅貨物采用報關單申報，還有部分貨物等采用艙單申報。

2.實行集中申報

《辦法》第二十五條規定：“經海關核準，區內企業可以辦理集中申報手續。實行集中申報的區內企業應當對1個自然月內的申報清單數據進行歸并，填制進出口貨物報關單，在次月底前向海關辦理集中申報手續。集中申報適用報關單集中申報之日實施的稅率、匯率，集中申報不得跨年度辦理?！?/p>

3.企業可以選擇申報地

這也是外貿法實施后，進一步落實企業進出口經營權的體現?！掇k法》第十五條對此作了專門規定，“進出境口岸不在保稅港區主管海關轄區內的，經保稅港區主管海關批準，可以在口岸海關辦理海關手續?！?/p>

4.區內貨物監管實行以查代核

《辦法》第三十一條吸收了海關部署開展的加工貿易監管作業“流程再造”和特殊監管區域“以査代核”的課題研究成果，規定“海關對保稅港區內加工貨物不實行銀行保證金臺賬、合同核銷，不執行單耗標準?！焙ｊP根據貨物進、出、轉、存情況實施核庫、核查，為保稅港區率先實現“以查代核”的管理模式提供了法律依據。

5.貨物存儲時間無限期，但有條件

《辦法》借鑒了國際通行做法，對貨物不設存儲限期，但為避免出現無主、放棄或品質超期存放的貨物而無法得以有效處理的情況，作了“但書”限定，“存儲限期超過2年的，區內企業應當每年向海關備案。因貨物性質和實際情況等原因，在保稅港區繼續存儲會影響公共安全、環境衛生或者人體健康的，海關應當責令企業及時辦結相關海關手續，將貨物運出保稅港區”。這種規定企業滿足了利用保稅制度、沒有時間限制尋求國際市場的要求，又設定了一定條件，克服保稅區和保稅物流園區無主貨物難以處理的弊端。