按照《京都公約》的分類方法，即按照使用對象不同將保稅倉庫分為公用型保稅倉庫和自用型保稅倉庫。公用型保稅倉庫是指由主營倉儲業務的中國境內獨立企業法人經營，專門向社會提供保稅倉儲服務的倉庫。自用型保稅倉庫是指由特定的中國境內獨立企業法人經營，僅存儲供本企業自用保稅貨物的倉庫。公用型保稅倉庫可以分為公用型液體危險品保稅倉庫、公用型寄售保稅倉庫、公用型其他專業保稅倉庫；自用型保稅倉庫通常是指備料保稅倉庫，可以分為自用型液體危險品保稅倉庫、自用型寄售維修保稅倉庫、自用型其他專業保稅倉庫。

公用型保稅倉庫和自用型保稅倉庫的主要區別在于：

(一） 所存貨物的供給對象不同

前者面向全社會提供公共保稅倉儲物流服務，后者存儲的貨物僅供本企業自用。

(二） 功能不同

前者可以對所存貨物開展包裝、打膜、印刷嘜碼、分拆、分級、分類、拼裝等流通性簡單加工和增值服務，后者主要是為特定加工貿易企業供應生產自用的生產性物料、零配件等，不能開展簡單加工服務。

(三） 面積標準不同

公用型的最低面積為2000平方米，自用型的對面積不設最低門檻。

(四） 經營主體經營范圍的要求不同

公用型保稅倉庫必須具有工商行政管理部門核準的倉儲經營權，自用型的經濟主體無須具有倉儲經營權。

(五） 經營主體的性質不同

前者對經營主體的性質不作特別要求，可以是外貿企業、物流企業或生產型企業等，但后者的經營主體只能是加工貿易企業。