重要內河港口。包括豐滿碼頭和哈達灣碼頭，位于吉林市豐滿和哈達灣?？菟诳赏？?00噸級船舶。豐滿溯流而上可抵旅游區五虎島、臥龍潭直至樺甸。哈達灣順江而下可抵扶余，經三岔河可達大安、哈爾濱、佳木斯等地。1948年前，吉林港的船舶可達2700余艘；1948年吉林解放后，東北航政局成立吉林辦事處，1951年由吉林省交通廳接收，改為吉林省航運公司。豐滿碼頭為簡易重力式碼頭，1984年建成，屬客運碼頭，長40米，碼頭前沿水深2.5米，靠泊能力為200噸級船舶，有3個泊位。年旅客吞吐量、實際客運人次為30萬人。哈達灣碼頭為木籠式碼頭，自然岸線1000米，1976年建成，靠泊能力為100噸級船舶，有3個泊位，碼頭總長140米，堆場面積1.3萬平方米，年吞吐量10萬余噸。

吉林市從2006年起投資6000萬元人民幣建設了一座綜合性港口——吉林港。新港口建成后，不僅中斷了半個世紀的松花江航運可再次復蘇，根據通航規劃，船只還可經同江直抵俄羅斯。吉林港選址在吉林市九站地區，港口一期工程規模為年設計吞吐能力200萬噸，計劃總投資6000萬元人民幣，泊位等級為500噸級，建設期為2年。該港的建設將以股份制的形式運作，除國家投資一部分外，再吸引民間資本投資。據吉林海事局工作人員介紹，九站地區瀕臨松花江，周邊公路網早已形成，并且很多重點工業項目也聚集于此，服務區域集中，具備興建天然良港的各種優越條件。根據通航規劃，吉林港建成后，松花江航道的通航將貫通吉林省中部及黑龍江糧食產區，可將東北經濟區通過水路連接起來，成為東北中部城市群的聯系紐帶。船只從吉林港起航，向北可到松原、哈爾濱、佳木斯、鶴崗、雙鴨山、同江直至俄羅斯，向南可到遼寧營口出?？?。

目前吉林市的貨物運輸主要以鐵路為主，但近年來，鐵路運力不足，嚴重制約了吉林市經濟發展。吉林港投建可以使九站地區成為公路、鐵路、水運等多種運輸方式交會的物流中心和大宗工農業產品的集散地，從而降低企業運輸成本，增強市場競爭力。