現階段，我國物流行業管理存在以下弊端：

(1)部門分割

物流是跨部門、跨行業、跨區域的復合型產業，物流的發展雖然受到各級領導的重視，但是物流業在管理上涉及發改委、商務、交通、鐵道、民航、郵政、海關、質檢、信息等十幾個部門，各部門各行其是，政出多門，形不成合力。

多頭管理往往會造成效率低下。比如，商務部門有商務部門的規劃，交通部門有交通部門的規劃。這樣一來，都站在各自部門的角度上思考問題，形成的規劃有些是矛盾的。物流企業從事的生產經營活動又涉及多個領域，造成企業在制定發展規劃時無所適從。

(2)條塊分割

目前，不僅在中央層面存在物流管理部門分割的現象，而且在地方政府也存在部門分割的現象。比如，地方政府雖然也設立與國家發展改革委員會（以下簡稱“發改委”）類似職能的牽頭部門，如省發改委。但涉及具體的物流活動時，相關的交通委員會、商業委員會也在“履行”著自己的職能即使在同一部門內部，在設置物流處的同時，還有與其平行的物流管理部門。如深圳市的物流牽頭部門是交通委員會，但在交通委員會又下設物流處、空港處、公共交通處、港航管理處。又比如，武漢市的物流主管部門設在發改委的經貿處，但由財貿處負責物流項目的立項和一些綜合協調的工作，由交通委員會的物流處負責交通物流管理的協調。

(3)區域分割

成都市的物流業由市現代物流業發展辦公室來統一管理,并由市政府統一管理。因此，至少不存在同一部門之間管理的條塊分割。但這種管理也僅僅局限于四川省，無法與周邊省市達到完全的協調一致。在成都市要打造西部九省一市物流中心的同時，西部各省市也提出不同的發展目標:重慶市規劃長江上游國家物流中心，昆明的目標是東盟區域物流中心,西安要建設西北物流中心，貴陽則要成為長江上游至泛珠三角物流樞紐。其實，目前我國不同區域在物流發展規劃上各自為政的現象極為普遍，不僅極易造成重復建設、資源浪費，甚至還會形成市場的惡性競爭。