海運企業的營運間接費用應先在企業所經營的各種營運業務之間進行分配，求得運輸業務應負擔的營運間接費用。如果海運企業只計算綜合運輸成本，分配營運運輸業務負擔的營運間接費用可計入運輸業務的綜合成本，不必再進行分配。若需要再進一步計算單船成本、船型成本、運輸種類成本時.則需要將運輸業務負擔的營運間接費用在各船、各船型或運輸種類之間進行分配。營運間接費用在各船之間進行分配的方法較多，常用的有船舶費用比例分配法和船舶營運噸天比例分配法。

在此僅介紹船舶費用比例分配法。船舶費用包括航次運行費用和船舶固定費用。如有租賃船舶營運時，還包括船舶租賃費；如有集裝箱運輸時，還包括集裝箱固定費用（船舶費用均扣除了與運輸無關部分）；如計算單船成本，則需要分別按船舶進行分配；如按船型計算成本，則按船型分配，其費用分配率=運輸業務應負擔的營運間接費用：各船舶費用總額，某船或某船型負擔的間接費用等于上述分配率與該船或該船型船舶費用之積。遠洋運輸企業按航次計算成本時，營運間接費用可以只計入當期已完航次成本，不必分配計入該期未完航次成本，以簡化核算。