保稅制度始創于英國，由于企業暫時免交稅賦、減少企業資金占用與利息支出、降低貿易成本，有利于促進國際貿易的發展，從而在全世界推廣開來。

我國海關目前施行的保稅制度是在改革開放中產生和發展起來的。

早在新中國成立以前，中國海關就有過保稅制度。然而當時的中國是半封建半殖民地的舊中國，海關被帝國主義和殖民主義所控制，海關的保稅制度也是為帝國主義和殖民主義向中國大肆進行經濟侵略服務的工具。

新中國成立后，海關回到了人民手里，成為建設新中國的工具。在私商存在的情況下，新中國的海關管理中保留了一些舊保稅制度的某些形式，如保稅貨棧制度。但是在新中國成立后相當長的時間里，由于西方國家的經濟封鎖和我國對外貿易嚴格的管制政策，保稅監管幾乎沒有發展，舊保稅制度的形式也逐漸消亡。

改革開放以來，我國飛速發展的經濟，特別是飛速發展的對外貿易，大大地推動了保稅業務，推動了海關對保稅貨物的監管，也推動了適應經濟發展的完全新穎的保稅制度的誕生和發展。保稅不等于免稅，目前我國的保稅制度適用于三種情況：辦清手續（暫免納稅）、復運出口和加工制造。

1981年海關總署頒布的《海關對保稅貨物和保稅倉庫監管暫行辦法》，是我國海關制定的第一個涉及海關保稅監管制度的文件。這個辦法首次勾畫出"保稅倉儲"這一保稅制度形式，規定了監管保稅倉庫和保稅倉庫貨物的具體辦法。

1982年10月海關總署公布的《海關對加工裝配和中小型補償貿易進出口貨物監管和征免稅實施細則》，開始把“保稅加工”納入保稅制度的范圍。

1987年誕生的《中華人民共和國海關法》（以下簡稱《海關法》）以法律的形式賦予海關批準保稅的權利，擴大了準予保稅的貨物范圍，把“保稅加工”這一保稅制度形式確定下來，并明確規定保稅貨物是海關監管貨物。

1990年9月海關總署頒布的《海關對進出上海外高橋保稅區貨物、運輸工具和個人物品的管理辦法》開始構筑“區域保稅”這一新的保稅監管制度。

2001年修正版《海關法》增補了加工貿易海關監管的條款，賦予海關核定加工貿易單耗的法定權利，對加工貿易實行保稅、先征后退以及保稅料件內銷及海關核銷等作出了法律規定，大大地豐富了保稅制度的內容。

在這期間，保稅業務以前所未有的速度迅猛發展，海關對保稅貨物的監管也很快形成了一套完整的制度。

在形成這一套制度的過程中，國家有關部門，特別是海關總署，根據國家的有關法律、法規、政策，制定和發布了許多文件，進一步規范了保稅監管的范圍、辦法、程序、細則和標準，使全國海關的保稅監管走上了有法可依、規范管理的軌道。國家的有關法律、法規、政策和規范性文件所包含的海關保稅監管的作業要求，就是構成保稅制度的基本內容。

目前，保稅制度已經成為中國海關的一項主要的監管制度。

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