1990年5月，國務院批準設立了我國第一個保稅區————上海外高橋保稅區。1992年以來，國務院又陸續批準設立了14個保稅區和一個享有保稅區優惠政策的經濟開發區，即天津港、大連、張家港、深圳沙頭角、深圳福田、福州、?？?、廈門象嶼、廣州、青島、寧波、汕頭、深圳鹽田港、珠海保稅區以及海南洋浦經濟開發區。2008年，我國部分保稅區通過整合升級為保稅港區，迄今我國保稅區數量一直維持12個不變。（其中2008 年11月張家港保稅區經國務院批準，升級轉型為保稅港區，2008年12月22日，國務院正式批復同意?？诒６悈^區位調整并轉型為綜合保稅區，2008年9月7日，青島保稅區整合臨近港區、保稅物流園區，轉型升級為青島保稅港區。）該12個保稅區全部分布在東部地區，除了河北省之外的東部其他?。ㄖ陛犑校┚蟹植?，數量最多的為廣東省，6個；其次是福建省，2個；遼寧、天津、上海和浙江各省均只有1個。

保稅區的主要功能包括出口加工、進口保稅倉儲、國際貿易、商品展示等，享受"免證、免稅、保稅”的政策，實行“進口貨物二線管理，出口貨物一線管理”的監管模式。保稅區作為我國最早設立的海關特殊監管區，對于當時我國擴大國際貿易發揮了積極作用。但是，保稅區沒有出口退稅功能，貨物只有在實際離境之后才能進行出口退稅，在一定程度上不利于進出口貿易的平衡發展和提升進出口速度，這也是后來國務院停止批準設立新保稅區的重要原因。

2012年11月2日公布的《國務院關于促進海關特殊監管區域科學發展的指導意見》，提出將收緊保稅區、出口加工區等建設項目審批；現有各類海關特殊監管區域，將逐步整合，統一為"綜合保稅區"。

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