1990年9月，海關總署頒布了第一個保稅區海關管理辦法——《中華人民共和國海關對進出上海外高橋保稅區貨物、運輸工具和個人隨帶物品的管理辦法》規定，“上海外高橋保稅區發展外向型經濟?！鄙虾Ｊ姓C布的《上海市外高橋保稅區條例》第3條對保稅區功能作了明確規定，即“保稅區主要發展對外貿易和轉口貿易、港口、倉儲、出口加工以及金融服務等業務"。

1994年6月，在天津召開的全國保稅區工作座談會明確提出保稅區的三大功能是"出口加工、國際貿易和保稅倉儲"，要求各個保稅區圍繞這三大功能進行開發，并旗幟鮮明地提出保稅區要首先充分發揮其出口加工功能，以推動外向型經濟發展。

1997年6月10日，國務院批準了《保稅區海關監管辦法》，規定：“保稅區是海關監管的特定區域。"1997年7月17日，外經貿部對我國保稅區的功能作了明確闡述："保稅區是經國務院批準設立，由海關實施特殊監管的經濟領域，是目前我國開放度和自由度最大的經濟區域。其主要功能是轉口貿易、出口加工、保稅倉儲。"

第一，保稅倉儲和展示的功能，即利用保稅區內的倉庫進行貨物存儲和展示或者拆裝、分裝等商業性簡單加工。

第二，國際貿易的功能，即利用保稅區的區域優惠政策和毗鄰港口，陸路口岸的交通樞紐優勢開展國際貿易。

第三，出口加工的功能，即利用外資發展外向型經濟，充分利用區域特殊的管理政策開展加工貿易，從而實現擴大出口；同時通過保稅區的加工貿易也帶動相關的國內產品出口，培育和發展了整個加工產業鏈。

1998年以后，大多數保稅區開始發展物流和保稅倉儲產業，區內產業結構加快調整，高科技加工產業異軍突起。雖然從保稅區個體發展看，各保稅區的功能開發存在較大的差異，但從總體發展趨勢看，其功能逐漸從以出口加工為主轉向以綜合型功能開發為主，即包括貿易、加工、物流、服務業為一體的多元化功能。

同時，保稅區"免稅、免證、保稅"的政策在吸引外資、引進先進技術、擴大出口、增加外匯收入和國家稅收等方面，發揮了積極的促進和引導作用，進而促進保稅區的快速發展。但由于存在區外貨物進入保稅區不退稅、需等貨物實際離境后再退稅的政策限制，對保稅區的轉型發展造成了一定的影響。

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