對于保稅區域的稅收政策，國家稅務總局、財政局，海關先后頒布了一系列有關的保稅區域的稅收管理的文件，如：

（1）《出口加工區稅收管理暫行辦法》，國家稅務總局2000年10月26日發布，國稅發〔2000〕155號，該篇法規中的第三、第四、第五、第七條已被國家稅務總局關于發布《出口貨物勞務增值稅和消費稅管理辦法》的公告（一）廢止，廢止日期為2012年7月1日。

（2）《出口監管倉庫貨物入倉即予退稅暫行管理辦法》，中華人民共和國海關總署、國家稅務總局2005年1月10日發布，自2004年12月1日施行，署加發〔2005〕39號。2007年12月5日，海關總署、國家稅務總局發布《關于擴大出口監管倉庫人倉退稅政策試點范圍的通知》，署加發〔2007〕494號。

2010年8月16日，海關總署、國家稅務總局發布《關于出口監管倉庫享受入倉退稅政策擴大試點的通知》，署加發〔2010〕347號。

（3）《關于開展保稅物流功能試點出口加工區有關稅收問題的通知》，國家稅務總局2007年8月21日發布，國稅函〔2007〕901號。

（4）《關于國內采購材料進入出口加工區等海關特殊監管區域適用退稅政策的通知》，財政部、海關總署、國家稅務總局2008年2月2日發布，財稅〔2008〕10號。

（5）《關于出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》，財政部、國家稅務總局2012 年5月25日，財稅〔2012〕39號，該篇法規中的"第九條第（二）款第6項及附件9"已被財政部、國家稅務總局關于以貴金屬和寶石為主要原材料的貨物出口退稅政策的通知（發布日期：2014年12月9日）廢止。

同時，國家相關部門還頒布了其他一些有關保稅區域稅收管理的規章制度，這些規章雖然現已因國家稅務總局關于發布《出口貨物勞務增值稅和消費稅管理辦法》的公告（一）等失效，但在當時保稅環境下對規范保稅區域的稅收問題都發揮了重要作用，如：

（1）國家稅務總局《關于洋山保稅港區等海關監管特殊區域有關稅收問題的通知》（已失效），1997年4月9日，國稅函〔1997〕188號。

（2）國家稅務總局《關于保稅區與港區聯動發展有關稅收問題的通知》（已失效），2004年9月13日發布，國稅發〔2004〕117號。

（3）國家稅務總局《保稅物流中心（B型）稅收管理辦法》（已失效），2004年11月15日發布，國稅發〔2004〕150號。

（4）財政部、國家稅務總局《關于民航國際航班使用保稅航空燃油有關稅收事宜的通知》（已失效），2004年12月30日，財稅〔2004〕218號。

（5）國家稅務總局《關于從保稅倉庫和出口監管倉庫提取的料件有關稅收處理辦法的批復》（已失效），2005年12月7日，國稅函〔2005〕1153號。

（6）國家稅務總局《關于洋山保稅港區等海關監管特殊區域有關稅收問題的通知》（已失效），2006年12月15日，國稅函〔2006〕1226號。

（7）國家稅務總局《關于保稅物流中心及出口加工區功能拓展有關稅收問題的通知》，（已失效），2009年3月18日，國稅函〔2009〕145號。

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