整車分卸與機械冷藏車在兩站分裝分卸是兩種完全不同的運輸辦法，其主要區別如下：

(1)辦理的目的不同。整車分卸是對限按整車辦理貨物的一個補充辦法，目的是照顧零星貨物的運輸，但它也不是整裝零擔車，仍然是整車；機械冷藏車在兩個車站分裝或分卸，則是提高機械冷藏列車或車組運用效率的一種措施。機械冷藏列車或車組裝載量大，往往在一個車站裝車貨源不夠，或一個車站卸車又沒有那么大的供應計劃，所以采用分裝或分卸。

(2)裝運貨物的范圍不同。限按整車辦理的貨物中，屬于鮮活貨物的有:保溫運輸的貨物、蜜蜂、未裝容器的活動物等三項。這些貨物都可按整車分卸辦理?？梢?，整車分卸貨物并不是只限于易腐貨物，使用的車輛也不一定是冷藏車。而機械冷藏車在兩站分裝或分卸的貨物則基本上只限于需要加溫或冷藏的易腐貨物，且前者是對一輛車而后者是對一列(組)車說的。

(3)分裝(卸)站數與站間距離不同。按整車分卸辦理的貨物可在同一徑路上的兩個或三個到站分卸，站間距沒有明確規定;機械冷藏車分裝分卸時，也需同一徑路，但分裝或分卸站間的距離不許超過200km，裝車站或卸車站都不得超過兩個。

(4)裝載數量的限制不同。整車分卸貨物各到站的貨物數量無限制，也不存在分裝問題。但機械冷藏車在分裝時的第一裝車站或分卸時的第二卸車站的裝載量均不得少于全列的一半，樞紐地區除外。

(5)運費的核收辦法不同。整車分卸貨物，按照發站至最終到站的運價里程計算全車運費。如廣州南發衡陽、長沙北分卸的貨物，全車都按到長沙北的運價里程核收運費，并每分卸一次另收分卸費。而機械冷藏車分裝分卸的貨物則分別按各發到站間運價里程計算各車的運費。長沙北用氏3型機械冷藏車一組發送凍肉至北京、天津各2輛，則應分別按長沙北至北京和天津的運價里程計算運費。