目前，國際多式聯運的組織方式和體制可分成兩大類，分別稱為協作式多式聯運和銜接式多式聯運。

1.協作式多式聯運

協作式多式聯運，是指兩種或兩種以上運輸方式的不同運輸企業按照統一的公約、規章或商定的協議，共同將貨物從接管貨物的地點運到指定交付貨物的地點的聯運。

在協作式多式聯運下，參與聯運的承運人均可受理托運的托運申請、接收貨物、簽署全程運輸單據，并負責自己區段的運輸生產，后續承運人除負責自己區段的運輸生產外，還需要承擔運輸銜接工作，而最后承運人則需要承擔貨物交付以及受理收貨人的貨損貨差的索賠。在這種體制下，參與聯運的每個承運人均具有雙重身份，對外而言，他們是共同承運人，其中一個承運人代表所有承運人的聯運機構與發貨人訂立的運輸合同，對其他承運人均有約束力，即每個承運人均視為與貨主存在運輸合同關系；對內而言，每個承運人不但有義務完成自己區段的實際運輸和有關的貨運組織工作，還應根據規章規定或協議約定承擔風險和分配利益。

2.銜接式多式聯運

銜接式多式聯運是指由一個多式聯運經營人綜合組織兩種或兩種以上運輸方式的不同運輸企業，將貨物從接管貨物的地點運到指定交付貨物的地點的聯運。

在銜接式多式聯運下，運輸組織工作與實際運輸生產實現了分離，多式聯運經營人負責全程運輸組織工作，各區段的實際承運人負責實際運輸生產。在這種體制下，多式聯運經營人也具有雙重身份，對于貨主而言，他是全程承運人，與貨主訂立全程運輸合同，向貨主收取全程運費及其它費用，并承擔承運人的義務；對于各區段實際承運人而言，他是托運人，他與各區段實際承運人訂立分運合同，向實際承運人支付運費及其它必要的費用。很明顯，這種運輸組織與運輸生產相互分離的形式，符合分工專業化的原則，由多式聯運經營人“一手托兩家”,不但方便了貨主和實際承運人，也有利于運輸的銜接工作，因此，它是市場經濟下聯運的主要形式。

通過以上分析，我們不難發現，協作式多式聯運與銜接式多式聯運的含義、運輸組織方法有很大的區別，因而，它們具有自己獨特的特征與優勢。以下為協作式多式聯運與銜接式多式聯運的主要區別。

(1)應用范圍

協作式聯運的適用范圍較窄，除了國內實行計劃運輸的水鐵聯運外，大多用于同一種運輸方式的聯運之中，比如，國際鐵路聯運、國際航空聯運、國際公路聯運等。

銜接式聯運的適用范圍廣。它不僅在國際貨物運輸中被廣泛采用，而且在國內貨物運輸中被采用的比例也迅速擴大。

(2)聯運機構/多式聯運經營人的性質

有關貨物托運的受理，以及換裝作業和車船銜接等工作，在協作式聯運下，由相關承運人在各主要裝卸站點設置的聯運機構，比如，聯運辦公室、聯運指揮部等負責，但該聯運機構并不具備法人資格，不能獨立承擔責任。在銜接式聯運下，這些工作則由多式聯運經營人在各主要裝卸站點設置的分支機構或代理機構負責。

(3)計劃運輸

協作式聯運分為法定聯運和協議聯運兩種。其中的法定聯運實行計劃運輸。以國內水鐵聯運為例，國家運輸主管機關批準下達的聯運計劃是發貨人辦理托運的前提條件和參與承運的承運人辦理貨物銜接的依據。

銜接式聯運和不屬于法定聯運的協作式聯運無需事先提報聯運計劃，不實行計劃運輸，可直接辦理托運、填寫運單或提單。

(4)全程運輸所涉及的商務作業和銜接工作

在協作式聯運下，由實際承運人負責全程運輸所涉及的商務作業和銜接工作，它們的具體分工如下：

①第一程承運人受理托運業務、接收貨物、簽發全程運單和收取預付運費；

②全程運輸組織的銜接工作由各區段承運人負責完成；

③最后一程承運人負責交付貨物和受理收貨人的索賠和收取到付運費。

在銜接式聯運下，多式聯運經營人負責包括受理托運、收貨、簽發運輸單據、收取運費、運輸銜接、交付、受理貨主的索賠等所有商務作業和銜接工作，貨主不與實際承運人直接發生關系。

(5)承運人責任及運費分配等

在協作式聯運下，各區段承運人根據規章規定或協議約定承擔運輸責任和進行費用清算與運費分配，具體情況如下。

①第一程承運人、貨運損失發生區段的承運人和最后一程承運人對貨運損失承擔連帶責任。至于相互之間的責任分擔與追償，現有法規未作規定，承運人可簽署協議予以約定(但以不損害貨主利益為前提),如果未作約定，一般采取如下原則進行處理：對貨運損失負責的承運人應單獨負責賠償，如由另一承運人支付，該承運人有權向其追償；當貨運損失是由兩個或兩個以上承運人的行為造成時，每個承運人應按其所負責部分按比例進行分攤，如不可能劃分責任比例，每個承運人應按支付給他的運費的比例進行分攤；如不能確定屬于哪個承運人責任，貨運損失應在有關聯的承運人之間按比例進行分攤；如果某一承運人無力償還，應按支付給其他承運人的運費比例在其他承運人中分攤他應支付和未支付的賠償部分。

②參與聯運各方費用清算按有關規章規定或協議約定處理。

③在法定聯運中，全程運費按區段核收，因而，每個承運人收取自己完成區段對應向貨主收取的運費。在協議式聯運下，運費收入應按聯運協議的規定予以分配。

在銜接式聯運下，多式聯運經營人的責任與運費收入應按照多式聯運經營人與貨主訂立的合同辦理，至于實際承運人的責任和運費收入應按照他們與多式聯運經營人分別訂立的合同辦理，并不存在責任的分擔與運費分配之問題。

(6)運輸方式、運輸票據、聯運站、聯運路線、聯運貨物、聯運類別等

在屬于法定聯運的協作式聯運下，上述事宜均有所限制：運輸方式為鐵路與水路或均為水路或鐵路；運輸票據使用統一的票據；受理聯運業務和換裝業務的港/站應是經鐵道部及交通部統一公布的港、站；運輸路線應是批準下達的聯運計劃中核定的聯運路線；對于某些需要特種運送條件的貨物不能辦理聯運；根據鐵道部、交通部1995年前后發文，目前水陸聯運僅限于整車聯運，零擔貨物不再實行水陸聯運。

在銜接式聯運及非屬于法定聯運的協作式聯運下，上述事宜一般不受限制，因而，相對來說較為靈活。

(7)運費標準、全程統一費率及運費核收辦法

在屬于法定聯運的協作式聯運下，運費標準由國家統一制定，而在銜接式聯運和非屬于法定聯運的協作式聯運下，運費標準由雙方協商(但在分段計價時，如果某一區段實行國家定價的話，則該區段不能采取議價)。

在國內多式聯運中，一般無法做到全程單一(統一)費率，大多采取按運輸方式分段計費，運費核收大多采取全程一次收費為主、分段收費為輔的方法。比如，在水陸聯運中，對于整車運送的煤、生鐵、鋼材等九類貨物以及鐵路起運的煤炭一律實行水陸全程一次收費，其它實行分段收費。

在國際多式聯運中，幾乎所有的多式聯運經營人都未能實行全程單一(統一)費率，大多采取同國內多式聯運相同的費用核收辦法。