1.保稅倉庫貨物入庫程序

(1)在保稅倉庫所在地海關人境：進口貨物在保稅倉庫所在地海關人境時，貨主或其代理填寫“進口貨物報關單”一式三份，加蓋“保稅倉庫貨物”印章，并注明此貨物系存入某保稅倉庫，向海關申報。經海關查驗放行后，一份由海關留存，另兩份隨貨交保稅倉庫。保稅倉庫經營人于貨物入庫后即與報關單進行核對，并在報關單上簽收，其中一份留存保稅倉庫，作為入庫的主要憑證，一份交回海關存查。

(2)在非保稅倉庫所在地海關入境：進口貨物在保稅倉庫所在地以外其它口岸入境時，貨主或其代理應按海關有關規定辦理轉關運輸手續。貨主或其代理應先向保稅倉庫所在地主管海關提出將進口貨物運至保稅倉庫的申請，主管海關核實后，簽發“進口貨物轉關運輸聯系單”,并注明貨物轉運存入某保稅倉庫，貨主或其代理憑此聯系單到入境地海關辦理轉關運輸手續，經核準，按上述(1)程序辦理手續。

2.保稅倉庫貨物出庫程序

(1)原貨物復運出口：存入保稅倉庫的貨物在規定期限內復運出境時，貨主或其代理應向保稅倉庫所在地主管海關申報，填寫“出口貨物報關單”一式三份，并提交貨物進口時經海關簽章確認的“進口貨物報關單”,經主管海關核實后驗放出境，或按轉關運輸管理辦法驗放出境。復運出境手續辦理后，海關在一份出口報關單上加蓋放行章后退還貨主或其代理，作為保稅貨物核銷依據。

(2)用于加工貿易的貨物：用于加工貿易的貨物，經營加工貿易的單位首先按照進料加工或來料加工的程序向商務主管部門申請加工貿易審批。經合同審批、合同登記備案、開設加工貿易銀行保證金臺賬后，由主管海關核發“加工裝配和中小型補償貿易進出口貨物登記手冊”(簡稱“登記手冊”)。經營加工貿易單位持“登記手冊”,向保稅倉庫所在地主管海關辦理保稅倉庫提貨手續。由于保稅倉庫進貨時，所填寫進口貨物報關單并未確定何類貿易性質，故在提取使用時，需補填進料加工或來料加工專用“進口貨物報關單”和“保稅倉庫領料核準單”。經海關核實后，在“保稅倉庫領料核準單”上加蓋放行章，其中一份交經營加工貿易單位并憑此向保稅倉庫提取貨物，另一份由保稅倉庫留存作為核銷依據。

(3)國內銷售的貨物：存入保稅倉庫的貨物需轉為國內市場營銷時，貨主或其代理應事先報主管海關核準并辦理正式進口手續，填寫“進口貨物報關單”,其貿易性質由“保稅倉庫貨物”轉為“一般貿易進口”。按一般貿易辦妥貨物相關進口手續，辦妥后，海關在報關單上加蓋放行章，其中一份用于向保稅倉庫提取貨物，另一份由保稅倉庫留存作為核銷依據。

3.保稅倉庫貨物的核銷

(1)報關有關單證：保稅倉庫對所存貨物應有專人負責，并于每月的前5天內將上月存貨的收、付、存等情況列表報送當地海關核查，并隨附經海關簽章的“進出口報關單”及“保稅倉庫領料核準證”等單證。

(2)海關予以核銷：主管海關對保稅倉庫入庫、出庫報表與實際進口、出口報關單及領料單進行審核，必要時可派員入庫實地核查。核實無誤后予以核銷，并在一份報表上加蓋印章認可，退還保稅倉庫經營單位留存。