由于各口岸的具體情況有所不同，各口岸監管機構的設置并不完全相同。其中，有些城市專門設置口岸管理委員會(以下簡稱口岸委)作為行使該城市口岸綜合管理職能的機構。比如，上?？诎豆芾砦瘑T會辦公室(以下簡稱口岸辦)是上?？诎段娜粘＾k事機構，是市政府主管口岸的職能部門。上?？诎段涑蓡T單位包括市外經貿委、市建委、市計委、市公安局、市規劃局、市財政局、市交通局、市空港管理委員會辦公室、上海海關、上海出人境檢驗檢疫局、上海出入境邊防檢查總站、華東民航管理局、上海海事局、上海市港口管理局、中國貿促會上海市分會等。

口岸監管機構主要由以下機構所組成：

1.交通安全檢查機構

交通安全檢查機構是指各種運輸方式下的交通安全部門。以海上運輸為例，海事局是行使我國海上交通安全的執法機構，其目的是為了維護國家主權、維持港站秩序、保證運輸安全、防止發生水域污染、防止發生各種交通事故等。海事部門對船舶監督管理工作主要包括船舶登記、船舶簽證、船舶安全檢查、外輪監督管理、航運公司安全管理和防污染體系審核發證監督管理等。

2.海關

海關是對進出關境貨物、運輸工具、行李物品、貨幣、金銀等執行監督管理和稽征關稅的國家行政機關。

通常地講，海關是把持國家經濟大門的行政執法機關。因而，我國海關既具有海關監管、征收關稅、查緝走私、編制海關統計等四項基本任務，同時也具有如下12項權力：檢查權、查驗權、查閱權、查問權、調查權、復制權、扣留權、質押權、追緝權、佩帶和使用武器權、處理權、強制繳稅權。

海關監督管理的范圍是關境。國境與關境并不完全一致：如歐共體成員國之間，貨物進出國境視同在國內流通，不征關稅，所以其關境大于國境；許多國家設有保稅區或自由貿易區，這些地區均在關境之外，故此類國家關境小于國境；我國由于臺灣、香港、澳門享有單獨關稅地區的地位，所以我國關境小于國境。

3.出入境檢驗檢疫機構

出入境檢驗檢疫機構是指對出入境商品的質量、數量、重量、包裝、安全、衛生以及裝運條件等進行檢驗并對涉及人、動物、植物的傳染病、病蟲害、疫情等進行檢疫工作的機構。

我國的商品檢驗檢疫機構是國家質量監督檢驗檢疫總局(通常簡稱為國家質檢總局)及其設在全國各口岸的出入境檢驗檢疫局，系由原先的進出口商品檢驗局、出入境動植物檢疫局和出入境衛生檢疫局合并而成，其主要職責有三項，即對進出口商品實施法定檢驗檢疫、辦理進出口商品鑒定業務、對進出口商品的質量和檢驗工作實施監備管理。

從2000年1月1日起實施“先報檢，后報關”的檢驗檢疫貨物通關制度，將原衛檢局、動植物局、商檢局進行的檢驗“三檢合一”,全面推行“一次報檢、一次取樣、一次檢驗檢疫、一次衛生除害處理、一次收費、一次發證放行”的工作規程和“一口對外”的國際通用的檢驗檢疫模式。從2000年1月1日起，對實施進出口檢疫的貨物啟用“入境貨物通關單"和“出境貨物通關單”,并在通關單上加蓋檢驗檢疫專用章，對列人《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》范圍內的進出口貨物(包括轉關運輸貨物),海關一律憑貨物報關地的出人境檢驗檢疫局簽發的“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”驗放，取消了原“商檢、動植檢、衛檢”以放行單、證書及在報關單上加蓋放行章通關的形式。

此外，我國還有其他專門的檢驗機構。

當前活躍在國際貿易領域中的各類商品檢驗檢疫機構、鑒定機構有1000多家，其中既有官方機構，也有民間和私人機構。在我國，除了國家設立的檢驗檢疫機構之外，還有一些民間檢驗機構，比如，中國進出口商品檢驗總公司(CCIC)。

檢驗檢疫機構對于進出口商品檢驗鑒定的具體內容，根據商品的不同特性，法律、法規規定的不同內容，或者根據合同中的具體約定，有關技術標準的規定，以及根據申請委托人的意愿而不同。歸納起來檢驗檢疫的項目主要有：進出口商品的質量檢驗、數量和重量檢驗、包裝檢驗、出口商品裝運技術檢驗(比如，船艙檢驗、進出口集裝箱鑒定、監視裝載、積載鑒定、貨載衡量鑒定等)、出人境動植物檢疫、出入境衛生檢疫、進出口商品鑒定等。

4.出入境邊防檢查機關

出入境邊防檢查機關是負責對運輸工具及其上工作人員和所載貨物、旅客、物品、行李等實施邊防檢查的執法機構。

口岸檢查的要求與規定

1.其他機關除經國務院特準的以外，不得進行檢查。各檢查機關只能在各自的職權范圍內進行檢查。

2.交通安全部門負責召集有其他檢查機關參加的運輸工具進出口岸檢查聯席會議，研究、解決口岸檢查中的有關問題。

3.對各國外交官、領事官以及其他應受優待人員的行李物品的檢查，依照我國政府的有關規定辦理。運輸工具上工作人員如船員及其所載乘客、行李、貨物的檢查，僅限于在發出地、到達地和中間停留地進行，如無特殊情況，不得中途阻航檢查。

4.運輸工具抵達口岸前已辦妥進口岸手續的，運輸工具抵達后即上下人員、裝卸貨物和物品；對于抵達口岸前未辦妥進口岸手續的，分兩種情況：第一，如果進出的上一口岸為我國口岸，運輸抵達后即可上下人員、裝卸貨物和物品，但應立即辦理進口岸手續。第二，如果進出的上一口岸為境外口岸，除了檢查機關辦理口岸檢查手續的工作人員和引航員外，其他人員不得上下運輸工具，不得裝卸貨物和物品。比如，對來自國外港口的船舶，在抵達我國港口后，如果有泊位的話，可以直接駛往裝卸貨泊位而無需如以往那樣必須在錨地接受由港監、海關、邊防、衛檢組成的聯合檢查，但如未事先辦妥進口岸手續，盡管船舶已經靠泊，但仍然不能進行裝卸貨及上下人員，還必須按受檢查機關的檢查，辦理相應的進口岸手續。