(一)保稅倉庫的管理

根據現行的海關有關規定：(1)保稅倉庫不得轉租、轉借給他人經營，不得下設分庫。(2)海關對保稅倉庫實施計算機聯網管理，并可以隨時派員進入保稅倉庫檢查貨物的收、付、存情況及有關賬冊。海關認為必要時，可以會同保稅倉庫經營企業雙方共同對保稅倉庫加鎖或者直接派員駐庫監管，保稅倉庫經營企業應當為海關提供辦公場所和必要的辦公條件。(3)海關對保稅倉庫實行分類管理及年審制度，具體辦法由海關總署另行制定。(4)保稅倉庫經營企業負責人和保稅倉庫管理人員應當熟悉海關有關法律法規，遵守海關監管規定，接受海關培訓。(5)保稅倉庫經營企業應當如實填寫有關單證、倉庫賬冊，真實記錄并全面反映其業務活動和財務狀況，編制倉庫月度收、付、存情況表和年度財務會計報告，并定期以計算器電子數據和書面形式報送主管海關。(6)保稅倉庫經營企業需變更企業名稱、注冊資本、組織形式、法定代表人等事項的，應當在變更前向直屬海關提交書面報告，說明變更事項、事由和變更時間；變更后，海關按照本規定第八條的規定對其進行重新審核。保稅倉庫需變更名稱、地址、倉儲面積(容積)、所存貨物范圍和商品種類等事項的，應當經直屬海關批準。直屬海關應當將保稅倉庫經營企業及保稅倉庫的變更情況報海關總署備案。

(二)保稅倉庫所存貨物的管理

保稅倉儲貨物入庫時，收發貨人或其代理人持有關單證向海關辦理貨物報關入庫手續，海關根據核定的保稅倉庫存放貨物范圍和商品種類對報關入庫貨物的品種、數量、金額進行審核，并對入庫貨物進行核注登記。入庫貨物的進境口岸不在保稅倉庫主管海關的，經海關批準，按照海關轉關的規定或者在口岸海關辦理相關手續。

保稅倉儲貨物出庫運往境內其他地方的，收發貨人或其代理人應當填寫進口報關單，并隨附出庫單據等相關單證向海關申報，保稅倉庫向海關辦理出庫手續并憑海關簽印放行的報關單發運貨物。

從異地提取保稅倉儲貨物出庫的，可以在保稅倉庫主管海關報關，也可以按照海關規定辦理轉關手續。出庫保稅倉儲貨物批量少、批次頻繁的，經海關批準可以辦理集中報關手續。