在拼箱貨班輪運輸中，貨運代理針對貨主相當于承運人，而針對承運人相當于整箱貨貨主。拼箱貨貨運代理除了開展代理人型貨運代理業務之外，還具有當事人型貨運代理的特點，因此拼箱貨貨運代理業務與整箱貨基本相同，但基于其自身特點，其業務也存在一定的差別。

(一)拼箱貨班輪運輸貨運代理特點

1.必須具有無船承運人資格，簽發無船承運人提單

由于船公司只能對整箱開出一套提單，因此拼箱貨貨主無法得到船公司提單(主提單)。拼箱貨貨主若想向銀行辦理結匯手續，必須獲得貨運代理簽發的提單，即貨運代理提單(分提單、無船承運人提單)。代理人型的貨運代理不具備簽發提單的資格，因此拼箱貨班輪運輸的貨運代理必須是當事人型，即無船承運人。更具體地說，集裝箱貨運站(container freight station,CFS)在拼箱貨班輪運輸中扮演此無船承運人角色。

2.負責裝(拼)箱及拆箱

在出口業務中，整箱貨一般由托運人負責裝箱并填寫集裝箱裝箱單，拼箱貨由集裝箱貨運站負責拼裝入箱并填寫集裝箱裝箱單；進口業務中，整箱貨一般由收貨人負責拆箱取貨，拼箱貨由集裝箱貨運站拆箱并向收貨人放貨。

3.負責集中訂艙、報關、報檢

在拼箱貨班輪運輸中，貨運代理無法針對不同拼箱貨貨主的貨物分別訂艙、報關、報檢，而是將拼入一個整箱的貨物進行集中訂艙、報關、報檢。

(二)拼箱貨班輪運輸貨運代理業務流程

1.出口方貨運代理業務流程

拼箱貨發貨人將貨物運至集裝箱貨運站，集裝箱貨運站審核發貨人相關單證，如果接受托運，則向發貨人簽發無船承運人提單據以結匯；集裝箱貨運站作為整箱貨托運人向船公司或船舶代理集中訂艙，領取設備交接單后向集裝箱堆場領取空箱，負責將拼箱貨物裝入集裝箱并填寫集裝箱裝箱單；集裝箱貨運站作為整箱貨托運人向檢驗檢疫機構進行集中報檢，并向海關集中報關。

集裝箱貨運站將整箱送至堆場，并接受堆場簽發的場站收據正本；集裝箱貨運站持場站收據正本向船公司換取主提單，并將主提單寄送進口國貨運代理(進口國集裝箱貨運站)。

2.進口方貨運代理業務流程

貨運代理作為整箱貨收貨人憑寄來的主提單向船公司或船舶代理換取交貨記錄提貨單聯；貨運代理集中辦理集裝箱進口報檢、報關手續；貨運代理憑船舶代理和海關蓋章的提貨單向堆場提箱；在集裝箱貨運站拆箱，收貨人憑分提單換單取貨；將集裝箱空箱歸還堆場。

(三)拼箱貨班輪運輸貨運代理業務單證

在出口業務中，拼箱貨貨運代理針對船公司或船舶代理作為整箱貨托運人涉及的主要單證包括場站收據、設備交接單、集裝箱裝箱單；在進口業務中，作為整箱貨收貨人涉及的單證是交貨記錄。這是與整箱貨班輪運輸貨運代理業務單證的相同之處。

不同之處在于拼箱貨貨運代理作為無船承運人必須簽發無船承運人提單(分提單HB/L)作為實際發貨人結匯以及實際收貨人提貨的憑證，而船公司提單(主提單M B/L)作為拼箱貨貨運代理在進口港提箱的憑證。

出口國集裝箱貨運站向發貨人簽發分提單，船公司向集裝箱貨運站簽發主提單，發貨人通過結匯將分提單流轉至收貨人，出口國集裝箱貨運站將主提單寄交進口國集裝箱貨運站，進口國集裝箱貨運站憑主提單向船公司提取整箱，收貨人憑分提單向集裝箱貨運站提貨。