物流公司提高貨物運輸中的協議執行質量是非常重要的，這涉及到貨物運輸的準時性、安全性和可靠性。為了提高貨物運輸中的協議執行質量，物流公司可以采取以下措施：

1. 建立健全的內部管理體系：物流公司可以建立健全的內部管理體系，包括完善的運輸管理制度、規范的操作流程和有效的內部監督機制。通過建立健全的內部管理體系，可以確保貨物運輸過程中各項工作按照規定和標準進行，提高協議執行的質量。

2. 嚴格執行合同約定：物流公司在與客戶簽訂運輸合同時，應該嚴格執行合同約定，包括運輸時間、運輸路線、貨物保險等方面的約定。在貨物運輸過程中，物流公司需要嚴格按照合同約定履行各項責任，確保貨物按時、安全地到達目的地。

3. 提高運輸工具和設備的質量：物流公司可以投資更新運輸工具和設備，提高其質量和性能。例如，更新運輸車輛、購買先進的運輸設備等，可以提高貨物運輸的效率和安全性，從而提高協議執行的質量。

4. 加強對運輸人員的培訓和管理：物流公司可以加強對運輸人員的培訓和管理，確保他們具備專業的駕駛技能和良好的職業素養。通過培訓和管理，可以提高運輸人員的服務意識和責任感，減少因人為原因導致的運輸延誤和事故發生，提高貨物運輸的協議執行質量。

5. 實施有效的監控和管理：物流公司可以通過實施有效的監控和管理措施，對貨物運輸過程進行實時監測和管理。例如，可以利用GPS定位系統對運輸車輛進行實時監控，及時發現運輸過程中的問題并采取措施，確保貨物運輸按時、安全地到達目的地。

6. 建立完善的投訴處理機制：物流公司可以建立完善的投訴處理機制，及時處理客戶的投訴和意見反饋。通過及時處理客戶的投訴，可以及時發現運輸過程中存在的問題，并采取措施加以改進，提高貨物運輸的協議執行質量。

7. 與合作伙伴建立良好的合作關系：物流公司可以與運輸合作伙伴建立良好的合作關系，包括運輸公司、貨代、倉儲公司等。通過與合作伙伴的良好合作，可以共同努力提高貨物運輸的協議執行質量，確保貨物能夠按時、安全地到達目的地。

8. 制定獎懲機制激勵履約：物流公司可以制定獎懲機制，對履約良好的運輸人員和合作伙伴進行獎勵，對違約行為進行懲罰。通過獎懲機制，可以激勵運輸人員和合作伙伴積極履行合同約定，提高貨物運輸的協議執行質量。

9. 采用信息化技術提升管理水平：物流公司可以采用信息化技術，如物流管理系統、運輸管理軟件等，提升管理水平。通過信息化技術，可以實現對貨物運輸過程的全程監控和管理，提高運輸效率和服務質量。

10. 定期進行績效評估和改進：物流公司可以定期對貨物運輸的協議執行質量進行績效評估，發現存在的問題和不足，并及時進行改進。通過持續改進，可以不斷提高貨物運輸的協議執行質量，提升客戶滿意度和市場競爭力。

總之，物流公司提高貨物運輸中的協議執行質量需要從內部管理、合同執行、運輸工具、人員管理、監控管理、投訴處理、合作關系、獎懲機制、信息化技術和績效改進等多個方面進行綜合考慮和實施。只有在這些方面都得到合理的考慮和落實，才能有效地提高貨物運輸的協議執行質量，提升物流服務水平和競爭力。