貨物多式聯運的全過程就其工作性質的不同，可劃分為實際運輸過程（即各區段運載工具載運工作過程）和全程運輸組織業務過程兩部分。實際運輸過程是由參加多式聯運的各種運輸方式的實際承運人完成的，其運輸組織工作屬于各種方式運輸企業內部的技術、業務組織。全程運輸組織業務過程是由多式聯運全程運輸的組織者——多式聯運企業或機構完成的，主要包括全程運輸所涉及的所有商務性事務和銜接服務工作的組織實施。其運輸組織方法可以有很多種，但就其組織體制來說，基本上可按協作式聯運和銜接式聯運分為兩大類。

(一）協作式多式聯運的運輸組織方法

協作式多式聯運的組織都是在各種部門協調卞，由參加多式聯運的各運輸企業和中轉港共同組成的聯運辦公室（或其他名稱）貨物全程運輸計劃由該機構制訂，這種聯運組織下的貨物運輸過程如上圖所示。

在這種機制下，需要使用多式聯運形式運輸整批貨物的發貨人需要根據運輸貨物的實際需要，向聯運辦公室提出托運申請按月申報整批貨物要車、要船計劃，聯運辦公室根據多式聯運線路及各運輸企業的實際情況制訂該托運人托運貨物的運輸計劃，并把該計劃批復給托運人及轉發給各運輸企業和中轉港站。發貨人根據計劃安排向多式聯運第一程的運輸企業提出托運申請并填寫聯運貨物托運委托書。第一程運輸企業接受貨物后經雙方簽字，聯運合同即告成立。第一程運輸企業組織并完成自己承擔區段的貨物運輸至與后段銜接地，直接將貨物交給中轉港站，經換裝由后一程運輸企業繼續運輸，直到最終目的地由最后一程運輸企業向收貨人直接交付。在前后運輸企業之間和港站與運輸企業交接貨物時，需填寫貨物運輸交接單和中轉交接單。聯運辦公室負責按全程費率向托運人收取運費，然后按各企業之間商定的比例向各運輸企業及港站分配。

在這種組織體制下，全程運輸組織是建立在統一計劃、統一技術作業標準、統一運行圖和統一考核標準基礎上的，而且在接受貨物運輸、中轉換裝、貨物交付等業務中使用的技術裝備、銜接條件等也需要在統一協調下同步建設或協議解決，并配套運行以保證全程運輸的協同性。

對于這種多式聯運的組織體制，在有的資料中稱為“貨主直接托運制”。這是國內過去和當前多式聯運（特別是大宗、重要物資運輸）主要采用的體制。

(二）銜接式多式聯運的組織方法

銜接式多式聯運的全程運輸組織業務是由多式聯運經營人（多式聯運企業MultimodalTransportOperater，MTO)完成的，這種聯運組織下的貨物運輸過程可用下圖來說明：

在這種組織體制下，需要使用多式聯運形式運輸成批或零星貨物的發貨人首先向多式聯運經營人（MTO)提出托運申請，多式聯運經營人根據自己的條件考慮是否接受。如接受，雙方訂立貨物運輸的多式聯運合同，并在合同指定的地點（可以是發貨人的工廠或倉庫，也可是指定的貨運站中轉站、堆場或倉庫）雙方辦理貨物的交接，聯運經營人簽發多式聯運單據。接受托運后，多式聯運經營人首先要選擇貨物的運輸路線、劃分運輸區段（確定中轉、換裝地點)、選擇各區段的實際承運人，確定零星貨物集運方案，制訂貨物全程運輸計劃并把計劃轉發給中轉銜接地點的分支機構或委托的代理人。然后根據計劃與第一程、第二程……的實際承運人分別訂立各區段的銜接，由多式聯運經營人（或其代表或其代理人）采用從前程實際承運人手中接受貨物再向后程承運人發運方式完成，在最終目的地從最后一程實際承運人手中接受貨物后再向收貨人交付貨物。

在與發貨人訂立運輸合同后，多式聯運經營人根據雙方協議（協議內容除貨物全程運輸及銜接外），還常包括其他與貨物運輸有關的服務業務，按全程單一費率收取全程運費和各類服務費、保險費（需經營人代辦的）等費用。多式聯運經營人在與各區段實際承運人訂立各分運合同時，需向各實際承運人支付運費及其他必要的費用；在各銜接地點委托代理人完成服務業務時，也需向代理人支付委托代理費用。

在這種多式聯運組織體制下，承擔各區段貨物運輸的運輸企業的業務與傳統分段運輸形式下完全相同，這與協作式體制下還要承擔運輸銜接工作是有很大區別的。

這種聯運組織體制，.在有些資料中稱為“運輸承包發運制”。目前在國際貨物多式聯運中主要采用這種組織體制，在國內多式聯運中采用這種體制的也越來越多。隨著我國經濟體制的改革，這種組織體制將成為國內多式聯運的主要組織體制。