內貿集裝箱卸船前，船公司應將艙單（一般為一式兩份）交給內貿集裝箱碼頭，其中·份由集裝箱碼頭計劃部門留存，據以編制碼頭卸船作業計劃，做為組織碼頭現場卸船作業的依據，另一份由業務部門留存，作為客戶申請提取重箱時，辦理單證的依據。

內貿集裝箱裝船前，船公司應將重箱裝船單（一般為一式兩份）和空箱調運指令交集裝箱碼頭計劃部門，集裝箱碼頭計劃員據以編制裝鉛計劃，并組織現場裝船作業。

在全電腦管理的內貿集裝箱碼頭，當裝（卸）船完畢后，有關作業單證應匯總到集裝箱碼頭計劃部門核對人員處，核對人員將碼頭現場作業單證與碼頭電腦系統中的數據進行核對，如兩者一致，則將該船舶在碼頭電腦作業系統中設置為“啟航操作”（不同碼頭的電腦操作系統可能有區別）。船舶自航操作后，相關的計費信息會自動進入財務部門的計費系統。財務部門從電腦系統導出裝（卸）船的碼頭費用潔單，送船公司核對。船公司核對后確認費用，一般實行月結方式，結算費用。實行手工操作的內貿集裝箱碼頭，則應在計劃部門核對操作單證后，將有關單證交費收管理部門計費，然后交財務部門向船公司結算費用。

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