單證是碼頭安排集裝箱操作業務的依據，是碼頭進行作業收費的依據，是處理責任事件的依據，所以定要對單證進行妥善的保管，作業結束后，要對單證進行收集、歸類、存檔。

在船舶裝卸作業結束后，與船舶開賬有關的單證（包括船舶系解纜簽證單、船舶供水簽證單、碼頭裝卸作業簽證、進口卸船清單、進出口單船小結、中轉通知書、中轉集裝箱清單、海關國際轉運集裝箱驗放單、國際轉運集裝箱清單、出口漏裝改配申請單、退關箱清單等），由相關部門收集交費收部門，碼頭費收根據這些單證開具賬單給船公司或其指定的付費人，并將這些單證按進出口船名、航次分類存檔；其他一些單證（包括場站收據、預配船圖、出口1船圖、進口船圖、進口艙單等）則由相關部門按進出口船名、航次自行存檔。集裝箱進場作業單證（包括裝箱單、集裝箱裝運危險貨物裝箱證明書、海運出口危險品貨物包裝容器使用認定單、中轉箱轉場動態表，中轉箱轉場設備交接單等），由檢查口每天按船名、航次分類交配載部門，在船舶裝船作業結束后，配載部門負責將整條船的集裝箱進場作業單證按船名航次進行存檔。

集裝箱山場作業單證中，交貨記錄、未裝船貨物提離海關監管區申請單由碼頭受理臺在受理計劃日收取，每天將這些單證按船名航次進行存檔。設備交接單、集裝箱作業申請單、中轉箱轉場動態表等則由檢查口每天將這些單證按船名航次進行存檔。

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