通關程序是指進出口貨物收發貨人、運輸工具負責人、物品所有人或其他代理人按照海關的規定，辦理貨物、物品、運輸工具進出境及相關海關事務的手續和步驟。

按照時間先后可以將通關程序分為三個階段：

（1）前期階段。根據海關對保稅貨物、特定減免稅貨物、暫準進出境貨物等的監管要求，進出口貨物收發貨人或其代理人在貨物進出境以前，向海關辦理上述貨物備案手續的過程。

（2）進出境階段。根據海關對進出境貨物的監管制度，進出口貨物收發貨人或其代理人在貨物進出境時向海關辦理進出口申報、配合查驗、繳納稅費、提取或裝運貨物手續的過程。

（3）后續階段。根據海關對保稅貨物、特定減免稅貨物、暫準進出境貨物等的監管要求，進出口貨物收發貨人或其代理人在貨物進出境儲存、加工、裝配、使用后，在規定的期限內，按照規定的要求，向海關辦理上述進出口貨物核銷、銷案、申請解除監管手續的過程。

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